Que se passe-t-il si vous tuez Flowey?

Si le protagoniste tué Flowey sur un itinéraire neutre précédent (ou s'ils avortent de la route du génocide, même s'ils l'ont épargné), il n'interagit à nouveau avec eux jusqu'à ce que le protagoniste n'atteigne à nouveau à la maison. Si le protagoniste l'a épargné, il apparaît à nouveau au début des ruines et les conseille sur quoi faire.